馬祖故事館隸屬連江縣政府馬祖日報社，位於馬祖日報社左前方，2005年馬祖日報社向中央提出興建報史館的構想，後獲得文建會補助經費，並將報史館的概念延伸成「馬祖故事館」，於2010年正式開館。

館內展示內容著重於馬祖日報產業、報社發展與馬祖戰地政務相關歷史之展示，1樓展出報社過去使用之各種印刷設備、馬祖日報社的發展脈絡等，2樓則展示戰地政務時期的戰地文化與在地生活，精粹並呈現過去近50年來馬祖豐富的戰地文化與歷史。