馬祖故事館隸屬連江縣政府馬祖日報社,位於馬祖日報社左前方,2005年馬祖日報社向中央提出興建報史館的構想,後獲得文建會補助經費,並將報史館的概念延伸成「馬祖故事館」,於2010年正式開館。
館內展示內容著重於馬祖日報產業、報社發展與馬祖戰地政務相關歷史之展示,1樓展出報社過去使用之各種印刷設備、馬祖日報社的發展脈絡等,2樓則展示戰地政務時期的戰地文化與在地生活,精粹並呈現過去近50年來馬祖豐富的戰地文化與歷史。