2018年8月成立的馬祖藍眼淚生態館是馬祖第一座具有高互動性的自然遺產生態主題館，除了靜態的馬祖生態介紹外，更運用4D環繞虛擬實境，讓遊客身歷其境，不分季節都能體驗與藍眼淚的互動。

生態館附近建築外牆和堤防邊畫著栩栩如生的海洋3D彩繪牆，雖然範圍不大，但卻十分美麗；藍眼淚生態館原先是水產試驗所，後改建為藍眼淚生態館，結合海洋大學夜光蟲培育技術，也進行藍眼淚的培育工作，並藉由專業導覽解說，讓遊客近距離的認識藍眼淚，不受季節天候的限制，一年四季無論白天或晚上，都能看見馬祖珍貴自然資產－藍眼淚。

入場方式：
皆以預約方式，其餘可現場候補，為了維護品質，每梯次上限為30人，憑票入場。
場次時間：

早上：10:00、10:30、11:00、11:30
下午：14:00、14:30、15:00、15:30、16:00、16:30、17:00
晚上：19:00、19:30、20:00、20:30

每個整點準時開始播放影片，請各位提前 20 分鐘入場。