1992 年 11 月 7 日，馬祖地區解除戰地政務，回歸地方自治，開始民選縣長與 縣議員。接續，馬祖國家風景區於 1999 年 11 月 26 日正式成立，為第六座國家風景 區。戰爭和平紀念公園於 2003 年開始進行規劃，2004 年起花費鉅資進行第一期的 整建工程，包括了 06 據點與展示館。當年 11 月 6 日，邀請當時的副總統呂秀蓮親 臨馬祖主持「馬祖戰爭和平紀念公園－08 據點展示館」開幕。2009 年，一座嶄新的 戰爭和平展示館落成開放，展示陳列馬祖戰地時期的各種文獻與物品，而在同年行 政院文化建設委員會（今文化部）將馬祖戰地文化與金門一起列為台灣世界遺產潛力點之後，馬祖軍事遺產之蛻變就更加明確了。文建會的舉動很明確的宣示了馬祖的軍事遺產擁有世界遺產必要條件之「傑出普世性價值」。

主要目標是從創意再利用原本作為展示戰備意志及能力，但逐漸消失的據點營區，改造成為島嶼魅力的展示平台，並藉此透過公部門、居民與設計專業者的對話，尋求在再利用後的據點，發掘並展現馬祖當前與 未來的生活需求與經濟潛能，讓原本被排除在日常運作之外的軍事據點，能重新與居民及訪客對話，以實踐馬祖戰地建築遺產的永續保存新契機，同時以新的手法，回應再造歷史現場的計畫精神與目標。

自列入世界遺產潛力點以來，馬祖文化資產的思考也從以觀光為導向進入文化資產保存與再利用的階段。彰顯出馬祖做為全球冷戰瑰寶的事實。在馬祖有形與無形的戰地文化中，戰地文化景觀是其中最關鍵的部分。這個特殊的文化景觀，呈現出第二次世界大戰後世界冷戰脈絡下的國共對峙情勢。