戰爭和平紀念公園主題館就座落在戰爭和平紀念公園內,天氣晴朗時,還能遠眺大陸海岸線,相對於戰爭時代的緊張氣氛,更能與「戰爭和平」主題相異其趣。
2010年正式揭牌,開幕時,馬管處邀請當年曾在馬祖開鑿坑道的「北海真英雄」們回訪,特於館內播放「戰時回憶─馬祖老影片」。軍管時期,民眾無法持有相機,僅軍方能拍照與攝影,故此時的影像紀錄,顯得彌足珍貴,讓觀者能透過影片,回顧軍民真實生活,更揭開戰地政務下的神秘面紗。
主題館內以「感動‧回憶」為主題,分成:緣起、軍事沿革大事紀、軍用品展示區、軍民生態文化等展區,透過文字及影像,這些關於馬祖長達近半世紀軍管時期,軍方與民間共同走過的歲月,在主題館內歷歷重現,讓參觀遊客遙想當年戰地居民的蓽路藍縷。