戰爭和平紀念公園主題館就座落在戰爭和平紀念公園內，天氣晴朗時，還能遠眺大陸海岸線，相對於戰爭時代的緊張氣氛，更能與「戰爭和平」主題相異其趣。

2010年正式揭牌，開幕時，馬管處邀請當年曾在馬祖開鑿坑道的「北海真英雄」們回訪，特於館內播放「戰時回憶─馬祖老影片」。軍管時期，民眾無法持有相機，僅軍方能拍照與攝影，故此時的影像紀錄，顯得彌足珍貴，讓觀者能透過影片，回顧軍民真實生活，更揭開戰地政務下的神秘面紗。

主題館內以「感動‧回憶」為主題，分成：緣起、軍事沿革大事紀、軍用品展示區、軍民生態文化等展區，透過文字及影像，這些關於馬祖長達近半世紀軍管時期，軍方與民間共同走過的歲月，在主題館內歷歷重現，讓參觀遊客遙想當年戰地居民的蓽路藍縷。